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去除绿斑藻的时候，可以在草缸中养殖一些斑马螺 。斑马螺是一种能够清理绿斑藻的食藻生物，以绿斑藻为食，还不会对草缸中的生态环境造成破坏 。
绿斑藻是直径小于0.5mm的绿色斑点状藻类，喜爱较强的照明灯光，通常附着在光线较强的水族缸玻璃面或者成长缓慢的水草上面 。而且草缸中的CO2或者磷酸偏低的时候，是绿斑藻最适宜的生长环境 。而且绿斑藻质地很坚硬，常见的食藻鱼难以安全将其清除 。
绿斑藻的浮生能力很强，一旦附着在草缸的玻璃内壁上，手动擦拭都很难将其清除，而且绿斑藻对一般的除草剂还有一定的免疫作用，使得清除绿斑藻的工作十分困难 。
在清除绿斑藻的时候，内壁上的绿斑藻可以用刮卡或者硬卡片将其刮除，将长有绿斑藻的叶片整个剪下，以防止绿斑藻附生在其他叶片上 。同时，在去除绿斑藻的时候，减少草缸的照明，并停止向草缸内施肥，这样就可以有效清除草缸中的绿斑藻 。
在日常养殖草缸的时候，需要提前预防绿斑藻 。保持草缸内的磷酸含量超过 1 ppm 以上，就可以有效预防绿斑藻 。
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